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北京协和医學院是首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位，现有一级学科博士授权专业点7个、一级学科硕士授权专业点3个，是国务院学位委员会自行审核博士学位授权一级学科点和硕士学位授权一级学科点的委托学位授予单位。现有一级学科国家重點學科2个，二级学科国家重點學科8个，三级学科国家重點學科2个，国家重点培育学科1个。可分别授予医学博士、理学博士（哲学博士）、医理双博士、工学博士、医学硕士、理学硕士、工学硕士和管理学硕士等学位，每年授予博士学位人数位居全国医學院校首位。
一级学科国家重點學科（2个）
生物學、藥學
二级学科国家重點學科（8个）
免疫學、病理學與病理生理學、皮膚病與性病學、影像醫學與核醫學、婦産科學、腫瘤學、麻醉學、內科學
三级学科国家重點學科（2个）
外科學（胸心外）、外科學（骨外）
國家重點（培育）學科（1個）
外科學（普外）
国家中医药管理局重點學科（1个）
藥用植物學
一级学科北京市重點學科（4个）
基础医学、临床医学、護理學、生物医学工程
二级学科北京市重點學科（3个）
神經病學、眼科學、流行病與衛生統計學
交叉学科北京市重點學科（1个）
轉化醫學
三级学科北京市重點學科（1个）
外科學（普外）
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