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基础医学研究所、臨床醫學研究所、心血管病研究所、肿瘤研究所、整形外科研究所、血液学研究所、皮肤病研究所、实验动物研究所、药物研究所、医药生物技术研究所、医学信息研究所、微循环研究所、放射医学研究所、生物医学工程研究所、输血研究所、医学生物学研究所、药用植物研究所（设有海南分所、云南分所）、病原生物学研究所。
北京协和醫院、阜外心血管病醫院、肿瘤醫院、整形外科醫院、血液病醫院（天津）、皮肤病醫院（南京）。
北京协和醫院以其专家优势、技术优势、资源优势被国家卫生部指定为“全国疑难病症技术指导中心”之一；阜外心血管病醫院是国内最大的三级甲等心血管病专科醫院；肿瘤醫院是国内最大的肿瘤专科醫院，是世界卫生组织癌症研究合作中心之一；整形外科醫院是国内规模最大、技术力量最强的整形外科三级甲等专科醫院；位于天津的血液病醫院是我国唯一的临床与基础研究相结合的国家级血液学专业临床与科研机构；位于南京的皮肤病醫院是目前全国最大、技术最先进的从事皮肤病研究的专科醫院。北京协和醫院的综合实力和各个专科醫院的技术力量奠定了协和医學院的臨床醫療水平在中国现代医疗技术领域中的代表地位，为学生在临床实践中提高基本技能、基本操作创造了良好的条件。
臨床醫學院、基础医學院、護理學院、繼續教育學院、公共卫生學院、人文社科學院。
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